После распада Советского Союза в 1991 году и приобретения Азербайджанской Республикой своей независимости государственным органом по управлению гражданской авиацией республики (Авиационной Администрацией - САА) является Государственный концерн гражданской авиации, возглавляемый Генеральным директором.
Руководитель САА и его заместители назначаются Указом Президента Азербайджанской Республики.
САА подотчетна Президенту и Правительству Азербайджанской Республики. САА в своей деятельности руководствуется Воздушным кодексом, Указами и распоряжениями Президента Азербайджанской Республики, постановлениями и распоряжениями Правительства республики и другими законодательными актами Азербайджанской Республики, а также Стандартами и Рекомендуемой практикой (SARPS) ИКАО.
Полномочия и обязанности САА определены в ее Уставе, утвержденным Правительством республики.
САА издает в пределах своих полномочий, обязательные для министерств, ведомств, предприятий, организаций и граждан нормативные правовые документы, регламентирующие деятельность гражданской авиации в Азербайджанской Республике.
Велика роль лично Президента Азербайджанской Республики господина Алиева Гейдара Алиевича в деле развития, становления и соответствия гражданской авиации Азербайджана международным стандартам. Под его личным руководством было завершено строительство нового аэровокзального комплекса в аэропорту "Баку-Бина", отвечающего всем современным требованиям: решился вопрос приобретения Азербайджаном новых самолетов типа Боинг -757-200; решается вопрос реконструкции аэропорта "Нахчыван".
Азербайджанская Республика с 9 октября 1992 года стала одним из полноправных членов ИКАО и является Договаривающимся государством, а с марта 1997 года - членом ИАТА, с 1991 года - членом - Межгосударственного авиационного комитета (МАК), сотрудничает с Евроконтролем, Европейской Конференцией гражданской авиации (ЕСАС).
Азербайджанская Республика:
 - подписала Межправительственное Соглашение о воздушном сообщении с 19 государствами (Бельгия, Болгария, Великобритания, Германия, Голландия, Грузия, Египет, Италия, Казахстан, Ливан, Польша, Россия, Румыния, Туркменистан, Турция, Узбекистан, Украина, Франция);
 - парафировала и согласовала на уровне экспертов Соглашение о воздушном сообщении с 19 государствами (Австрия, Беларусь, Греция, Израиль, Индия, Иордания, Иран. Кувейт, Латвия, ОАЭ, Пакистан, Сирия, Финляндия, Чехия, Швейцария, Китай, Дания, Норвегия, Швеция, Таиланд);
 - ведет согласование по Межправительственному Соглашению о воздушном сообщении с 14 государствами (Бангладеш, Бахрейн, Венгрия, Гонконг, Кипр, Киргизия, Южная Корея, Молдова, США, Словакия, Япония, Шри-Ланка, Эстония, Литва).
В июле 1999 года (со 02 по 07) САА посетили Президент Совета Международной организации гражданской авиации господин Ассад КОТАИТ и Региональный директор Европейского и Североатлатлантического бюро ИКАО господин Кристиан АЙГЛ.
Целью данного визита являлось проведение переговоров с руководством САА по вопросам, связанным с деятельностью гражданской авиации и представляющий взаимный интерес для Азербайджана и ИКАО, как глобализация и приватизация гражданской авиации, а также по программам ИКАО по проведению проверок организации контроля за обеспечением безопасности полетов и программы технического сотрудничества ИКАО.